Saturday, February 1, 2020

Progrès avec de la science ouverte

La Science Ouverte à Hackuarium pour AGiR! et l'intégrité génomique
Création de micronoyaux et de comètes, pour des expériences DIT (Do-It-Together - ou, faire ensemble) et sensibilisation des personnes


Au laboratoire public, Hackuarium, la science ouverte et la recherche participative sont des moyens clés pour démocratiser la méthode scientifique et, finalement, responsabiliser les gens. Prononcé à la française, comme il convient dans son emplacement particulier en Suisse, Hackuarium évoque les aquariums, pour souligner également la transparence et l'éthique du groupe, partageant non seulement le savoir (des connaissances) mais aussi du savoir-faire pour faire avancer toutes sortes de projets qui réunissent la biologie et la technologie.

Une tendance médiatique actuelle - maintenant même avec son propre «documentaire» Netflix - le «biohacking» peut souvent frôler le récit transhumaniste, pour une amélioration personnelle et parfois un gain monétaire. Cependant, Hackuarium est prudent quant aux tentatives qui empruntent cette voie - d'autant plus que la modestie et le respect font partie de son code éthique. De plus, Hackuarium encourage le partage, le 'clonage' (ou 'copying'), la modification et la collaboration sur ses projets, anciens et nouveaux, pour la vraie recherche ouverte. La documentation de l'expérimentation, et non des tentatives individuelles dans les sous-sols, est essentielle. Ce ne sont pas seulement les considérations de sécurité, bien que cruciales, bien sûr, qui en sont la raison, mais aussi le simple fait qu'il est beaucoup plus amusant de faire les choses ensemble que tout seul ...

Projets à Hackuarium pour l'association AGiR! (Action pour l'intégrité génomique via la recherche!, Comme vous le savez peut-être déjà, alors que vous lisez ce billet de blog!) visent à `` open source '' deux méthodes classiques pour évaluer les dommages à l'ADN dans les cellules, la méthode du micronoyau et les tests de comètes. Les ateliers autour du micronoyau ont déjà été productifs, avec des groupes à Bruxelles, Londres et Bilbao, pas seulement au Hackuarium près de Lausanne, explorant leurs propres cellules buccales par cette méthode d'évaluation quantitative des risques, largement utilisée depuis les années 80. La méthode implique une simple coloration des cellules sur des lames, et montre essentiellement si un gros morceau d'ADN a cassé d'un chromosome, dans une division cellulaire précédente. Ainsi, en plus du noyau normal de la cellule, un micronoyau peut être trouvé. En trouver quelques-uns est considéré comme normal (environ 5 ou moins dans 1000 cellules), mais s'il y a une fréquence élevée (de 20 à 50 par 1000 cellules), une visite chez le médecin s'impose peut-être. (Les dommages ou les réparations de l'ADN peuvent être affectés par des sources internes ou externes.)

Faire les comètes nécessite de traitements spéciaux, dont une étape de «gel d'ADN» unicellulaire. Ils ressemblent vraiment à des étoiles filantes; et, plus la queue est longue et brillante, plus il y a de cassures double brin dans l'ADN de cette cellule. Sur la Figure 1 est montré un du lot de «contrôle positif», traité avec du peroxyde d'hydrogène avant les traitements et l'imagerie.

Cependant, le test des comètes nécessite une microscopie spéciale à «fluorescence», difficile à réaliser dans le cadre du «hacker». L'image ci-dessus a été prise avec un microscope spécial pour l'épi-fluorescence au laboratoire de collègues à l'Université de Lausanne. Des travaux récents laissent néanmoins espérer que cela sera en cours. Au cours des derniers mois, avec le cool microscope OpenFlexure, nous avons acquis nos premières images de fluorescence prometteuses de noyaux de cellules buccales, coloriées avec 'sybr safe' (Fig 2), et des tests avec des comètes de cellules buccales sont en cours.



De plus, nous travaillons pour permettre la «reconnaissance automatique» des micronoyaux, en formant des 'réseaux de neurones' ('neural networks') et en utilisant d'autres stratégies d'IA pour les trouver dans les images. Par exemple, les masques pour la segmentation des images annotées sont utiles pour cela (Figure 3).



Permettre aux gens d'explorer les dommages à l'ADN moyennes dans leurs propres cellules (et peut-être essayer une intervention comportementale - courir, manger les myrtilles - pour voir si cela change) est un objectif central de ces expériences à Hackuarium (et au-delà - tout le monde est invité à se joindre à vous!)

Reste à savoir si tous ces travaux permettront également de sensibiliser les gens à des moyens simples de protéger l'intégrité génomique (qui comprend, en gros, tous les détails de la génétique moléculaire dynamique dans les cellules). Les dommages à l'ADN sont en effet une petite fraction de tous les facteurs moléculaires que ce concept, déjà âgé de 10 ans, est censé englober ...

Prenez soins de vous!

Friday, December 27, 2019

de la vielle de 2019 au nouvelle année (et décennie) de 2020


Voici une tentative d'arriver à jour avec quelques traductions...



ici de 2019:

Comme le temps a encore volé!

Ce blog est tellement négligé ...

Comme une petite excuse, j'ai travaillé pour rendre les comètes visibles de manière plus bricolage, en utilisant une lunette imprimée en 3D, OpenFlexure, mais je n'ai toujours pas été pleinement encouragée, car les filtres semblent laisser passer la lumière turquoise, tuant les espoirs d'épiflueurs , il semble...

Pour résoudre ce problème, le budget de la mini-subvention peut être épuisé. Mais si ça marche, ça vaudra le coup!

Pourtant, j'ai eu la chance de présenter le projet à quelques reprises durant l'année.
Voici quelques versions -
en anglais pour SciComm2019

et

en français pour la Fête de la Science (à l'ancienne orangerie de Voltaire à Ferney-Voltaire)

J'essaie également très fort de rendre durable le laboratoire public ouvert Hackuarium, où je fais du bénévolat plus sérieusement depuis le déménagement dans le nouvel espace en 2019.

Toute aide supplémentaire serait la bienvenue, pour ces efforts!

-> veuillez utiliser l'AGiR! lien de contact ou écrire rachel (at) hackuarium (dot) ch


si vous êtes près de Lausanne un mercredi, peut-être à Ecublens?

:)


et, voici sur 'Progrès de la science ouverte':
Open Science à Hackuarium pour AGiR! et intégrité génomique

Réalisation de micronoyaux et de comètes, pour des expériences DIT (Do-It-Together) et sensibilisation

Au laboratoire public, Hackuarium, la science ouverte et la recherche participative sont des moyens clés pour démocratiser la méthode scientifique et, finalement, autonomiser les gens. Prononcé à la française, comme il convient dans son emplacement particulier en Suisse, Hackuarium évoque les aquariums, pour souligner également la transparence et l'éthique du groupe, partageant non seulement des connaissances mais aussi du savoir-faire pour faire avancer toutes sortes de projets qui réunissent la biologie et la technologie.

Une tendance médiatique et philique actuelle - maintenant même avec son propre «documentaire» Netflix - le «biohacking» peut souvent frôler le récit transhumaniste, pour une amélioration personnelle et parfois un gain monétaire. Cependant, Hackuarium est prudent quant aux tentatives qui empruntent cette voie - d'autant plus que la modestie et le respect font partie de son code éthique. De plus, Hackuarium encourage le partage, le clonage, la modification et la collaboration sur ses projets, anciens et nouveaux, pour une recherche ouverte. La documentation de l'expérimentation, et non des tentatives individuelles dans les sous-sols, est essentielle. Ce ne sont pas seulement les considérations de sécurité, bien que cruciales bien sûr, qui en sont la raison, mais aussi le simple fait qu'il est beaucoup plus amusant de faire les choses ensemble que tout seul ...

Projets à Hackuarium pour l'association AGiR! (Action pour l'intégrité génomique via la recherche!, Comme vous le savez peut-être déjà, alors que vous lisez ce billet de blog!) Vise à `` open source '' deux méthodes classiques pour évaluer les dommages à l'ADN dans les cellules, le micronoyau et les tests de comètes. Les ateliers autour du test du micronoyau ont déjà été productifs, avec des groupes à Bruxelles, Londres et Bilbao, pas seulement au Hackuarium près de Lausanne, explorant leurs propres cellules internes des joues par cette méthode d'évaluation quantitative des risques, largement utilisée depuis les années 80. La méthode implique une simple coloration des cellules sur des lames, et montre essentiellement si un gros morceau d'ADN a cassé un chromosome, dans une division cellulaire précédente. Ainsi, en plus du noyau normal de la cellule, un micronoyau peut être trouvé. En trouver quelques-uns est considéré comme normal (environ 5 ou moins dans 1000 cellules), mais s'il y a une fréquence élevée (de 20 à 50 pour 1000 cellules), une visite chez le médecin s'impose peut-être. (Les dommages ou les réparations de l'ADN peuvent être affectés par des sources internes ou externes.)

Les comètes ont besoin de traitements spéciaux, y compris une étape de «gel d'ADN» unicellulaire. Ils ressemblent vraiment à des étoiles filantes; et, plus la queue est longue et lumineuse, plus il y a de cassures double brin dans l'ADN de cette cellule. Dans la figure 1 est montré un du lot de «contrôle positif», traité avec du peroxyde d'hydrogène avant les traitements et l'imagerie.

Cependant, le test des comètes nécessite une microscopie spéciale à «fluorescence», difficile à réaliser dans le cadre du «hacker». L'image ci-dessus a été prise avec un microscope spécial pour l'épi-fluorescence au laboratoire de collègues à l'Université de Lausanne. Des travaux récents laissent néanmoins espérer que cela sera en cours. Au cours des derniers mois, avec le cool microscope OpenFlexure, nous avons acquis nos premières images de fluorescence prometteuses de noyaux colorés (Fig 2), et des tests avec des comètes de cellules des joues sont en cours.







De plus, nous travaillons pour permettre la «reconnaissance automatique» des micronoyaux, en formant des réseaux de neurones et en utilisant d'autres stratégies d'IA pour les trouver dans les images. Par exemple, les masques pour la segmentation des images annotées sont utiles pour cela (Fig 3).





Permettre aux gens d'explorer les dommages à l'ADN dans leurs propres cellules (et peut-être essayer une intervention comportementale - courir, manger les myrtilles - pour voir si cela change le taux de dommages observé) est un objectif central de ces expériences à Hackuarium (et au-delà - tout le monde est invité à se joindre à vous!)

Reste à savoir si tous ces travaux permettront également de sensibiliser à des moyens simples de protéger l'intégrité génomique (qui comprend, en gros, tous les détails de la génétique moléculaire dynamique dans les cellules)! Les dommages à l'ADN sont en effet une petite fraction de tous les facteurs moléculaires que ce concept, déjà âgé de 10 ans, est censé englober ...

tous mes vœux pendant la période des Fêtes et je me réjouis de la nouvelle décennie à venir.

Une pour l'intégrité génomique! ??



Prends soin de toi!

Thursday, November 21, 2019

La difference clé entre l'ADN et l'ARN

Il existe de nombreux points subtils sur les aspects moléculaires de l'intégrité génomique qui ne sont pas *si* cruciaux pour être corrects - comme par exemple lorsqu'une molécule d'ADN est désigné à l'envers - bien qu'il soit bien sûr préférable de faire les choses au juste.  (Pour les discussions précédentes à ce sujet, voir la page de l'appel d'art originale sur le site AGiR! ... Juste pour vous aider à vous rappeler, une "qui s'enroule dans le sens horlogique" est juste.)

Cependant, l'autre jour à la radio, un annonceur a demandé: "Alors, quelle est la différence entre l'ADN et l'ARN?" Il a même fourni une réponse: "L'ADN est à double brin et l'ARN est à simple brin", puis a admis qu'il l'avait cherché sur Google pour le savoir ...

Eh bien, c’est un autre moment où les résultats de Google doivent être soigneusement évalués avant de penser que vous avez la bonne réponse.  En fait, au risque de devenir trop simpliste, la principale différence entre l'ARN et l'ADN réside dans le fait que le sucre à 5 carbones de l'ARN possède un atome d'oxygène supplémentaire par rapport à l'ADN. C'est pourquoi l'ADN est appelé «Acide DésoxyriboNucléique» alors que l'ARN est simplement de l'Acide RiboNucléique.

De manière cruciale, cet oxygène supplémentaire rend l'ARN beaucoup plus réactif que l'ADN, ce qui lui permet non seulement de encoder des informations génétiques, mais également de catalyser les réactions, presque comme s'il s'agissait de protéines. Pour aller encore plus loin dans ce propos, les comparaisons de structures entre protéines et ARNs que peuvent générer des polymères, peuvent avoir des structures de «sites actifs» similaires, avec une coordination du magnésium (ions métalliques) dans les deux cas, mais des oxygènes réactifs particulièrement nécessaires au fonctionnement dans le contexte des ARN. Voici un exemple de dix ans.

Ces attributs, capables à la fois de coder des informations génétiques et de catalyser des réactions, sont la raison pour laquelle un «monde à l'ARN» a été proposé depuis longtemps comme base de la vie sur notre planète. Au cours de la dernière décennie, de nombreux ARN actifs de toutes tailles (du micro au long, mais non codants) et même de formes, y compris des molécules d'ARN «circulaires» (pouvants non seulement «absorber» les microARN régulateurs comme une éponge, mais aussi être mal exprimés dans la leucémie) se sont avérés être des acteurs clés de la "danse moléculaire" dans nos cellules qui fait que tout fonctionne ...

Revenir à la double hélice de l'ADN: c'est particulièrement important pour la stabilité de la molécule et pour assurer la réplication de la longue molécule par des mécanismes semi-conservateurs. Les résultats de l'expérience classique Meselson-Stahl l'ont démontré avec élégance - et certains appellent cela la plus belle expérience jamais réalisée ... Dire que l'ARN ne peut être qu'un seul brin est extrêmement mal conçu. Les molécules d'ARN peuvent en effet former une double hélice (en présence de la séquence d'ARN complémentaire de l'ARN particulier *). De plus, les ARN simples longs peuvent se replier sur eux-mêmes, avec des zones à double brin et des structures tertiaires parfois complexes pouvant rivaliser avec celles des protéines.

Pour le dire plus simplement, l’ADN est comme un disque dur de l’ordinateur et l’ARN est comme le programme qui le fait fonctionner. Ce n'est pas seulement un messager copié à partir d'ADN qui parvient au cytoplasme pour permettre la fabrication de protéines; il constitue le mécanisme même qui permet à ces protéines d'être traduites *et* les molécules qui aident à réguler l'expression des gènes à partir de l'ADN pour former ces messages de manière appropriée. En d'autres termes, c'est la substance de la vie.


* Le complément de l'ARN 5'AGGAAUUCCGGAA, par exemple, est 5'UUCCGGAAUUCCU - qui pourrait se combiner pour former une double hélice ...
Cet exemple de complémentarité met également en évidence une autre différence d'ARN par rapport à l'ADN. Au lieu de la thymine (T dans le GATC de l'ADN), l'uracile (U), sans groupe méthyle, est la 4ème base trouvée dans l'ARN ... L'ADN est sensible aux UV en particulier à cause de ces bases de thymine, il est donc de nouveau logique que l’ARN ait pu être impliqué dans l’origine de la vie sur cette planète, l’atmosphère étant encore dans un état précoce, ce qui permet de nombreuses irradiations par les UV sur les occupants originaux. soyez particulièrement actif par temps froid, là encore une façon dont la "vie" aurait pu se développer, car elle a résisté aux époques "glaciales" de la "boule de neige" de l'histoire géologique ... :)

Friday, September 7, 2018

blogs et blogs

Encore une fois, trop de choses se passent, et ce blog a été totalement négligé!

Cependant, pour les projets d’intégrité génomique, les choses bougent vraiment.
Encore, pour la science ouverte, je représenterai Hackuarium au GOSH2018 à Shenzhen en Chine!

On m'a même demandé d'écrire un post de blog pour le groupe Femmes de Science Suisse!
Pas que ça compense pour ne pas écrire plus ici, mais j'espère que cela apportera une autre perspective pour les gens, étant donné le «spin» des médias sur diverses études, qui «prouver» une chose ou une autre!
Cela augmente la méfiance envers la science, et tout devient plus confus pour tout le monde quand, apparemment, quelques semaines plus tard! - un autre titre contredit le précédent.

Cependant, la «méthode scientifique» ne peut que soutenir ou réfuter des hypothèses.
En fait, aucune «preuve» n'est réellement possible.

Bien que loin d'être parfaite, la méthode scientifique reste le meilleur moyen de distinguer les alternatives et de comprendre notre monde, grâce à des expérimentations contrôlées.

Heureusement, certains sont de plus en plus conscients, en particulier à la lumière des problèmes de «fausses nouvelles» ciblant des groupes particuliers (par exemple, réf.).
Nous devons faire particulièrement attention lorsque des personnes au pouvoir veulent impliquer que les faits sont tous relatifs ...

Mon objectif est d'encourager les gens à acquérir des outils pour la pensée critique, pour un avenir meilleur pour nous tous en veillant à ce que la science soit pour tout le monde (ceci cite la version finale du blog WISS)!

En espérant que vous dites à vos amis que de bons choix peuvent être faits, pour aider à protéger l'intégrité génomique!

Comme toujours, faites attention!

réf:
Kenkrick et al. The Science of Anti-Science Thinking.  Scientific America, July 2018.

Sunday, January 14, 2018

2018 doit vraiment être l'année pour l'intégrité génomique

Oubliez la politique.
au moins quelques parties de celui-ci ...
Toutes les distractions aident seulement les entreprises à continuer comme si de rien n'était, rarement au profit de la santé publique.

En Suisse, mon collègue m'a parlé de son petit village en Argentine, où les agriculteurs se sont tournés vers la culture du soja «pour les Chinois», en utilisant des graines «Roundup» et des tonnes de glyophosphate ...
Personne ne comprend vraiment, selon lui, à quoi servent ces fèves de soja, mais les propriétaires savent qu'ils ont un bon marché et veulent maximiser leurs profits. Dans ce petit village de 2000 personnes, pour une raison quelconque, le cancer, même chez les enfants, devient beaucoup plus commun ....

En fait, ils disent que les cas de cancer dans la région qui cultivent le soja génétiquement modifié ont triplé au cours de la dernière décennie!
C'est horrifiant... et en raison de l'utilisation massive du pesticide, glyophosphate, également connu sous le nom de RoundUp, que ces cultures ont été rendues résistantes.


Avant, ils produisaient beaucoup de produits différents pour les zones locales, et presque tout le monde avait des ruches.
Maintenant, c'est une tragédie de pire en pire...

Vivre ici en Suisse, avec son système référendaire, est très intéressant. Nous ne savons pas exactement ce qui est pulvérisé sur les champs de poiriers près de chez nous, mais cela arrive souvent (au moins 12 fois par an), et les travailleurs portent rarement des vêtements de protection. Entre-temps, une initiative populaire a été lancée à Neuchâtel, visant à sauver la Suisse des pesticides de synthèse, y compris le glyophosphate, et bien sûr, les apiculteurs sont toujours inquiets ...

Dans le même temps, un nouveau papier est sorti sur l'alcool, son métabolisme en aldéhydes et les résultats génétiquement - de nouvelles mutations dans les cellules souches qui pourraient conduire au cancer ...
Voici une présentation simplifiée de ces résultats! (aussi en anglais...)
Bien sûr, surtout après les fêtes de fin d'année, nous devrions nous tous en préoccuper.
Félicitations aux travailleurs de ce rapport (certains de la MRC de Cambridge) !!
Mais, de telles données peuvent-elles permettre aux gens de se rendre compte à quel point tout cela soutient les idées que nous devrions changer nos habitudes ordinaires pour le meilleur, non seulement pour nous-mêmes, mais pour les générations futures?

Qu'est-ce qui devrait être fait?
Comment les agriculteurs peuvent-ils être éduqués sur toutes ces questions?
Pouvons-nous tous?
Les gens vont-ils changer leurs habitudes, et les entreprises cessent-elles de s'habituer si fort à commercialiser des choses que nous savons mauvaises pour la santé publique?

Je pense que des groupes comme AGiR! ne font pas encore l'impact nécessaire, mais peut-être que cela changera (bientôt?)?

Tu peux aider!
S'il vous plaît partager cette information, et aller sur le site et imprimer et afficher l'AGiR! flyer dans votre langue préférée (si ce n'est pas l'un des 10 déjà fait sur le côté anglais du site, s'il vous plaît aidez-nous avec plus de traductions!)!

Dans l'attente de plus amples discussions !!

À cet égard, la réunion de l'Assemblée générale de l'association aura lieu le 28 février 18.
S'il vous plaît utiliser le formulaire de contact disponible à partir de cette page sur le site, pour me faire savoir si vous souhaitez participer (même virtuellement)!

Thursday, December 22, 2016

l'intégrité génomique en Australie aussi!

C'est presque la fin de l'année, et on peut voir les effets sur l'intégrité génomique partout.

Voici deux(!) wallabies de Kangaroo island!


Elles, les albinos vraies, avec les yeux rouges, sont beaucoup plus amusantes que les cliniques pour le cancer de la peau, qu'on a vu fréquemment en Adelaide!

Je suis ravie d'avoir la chance de rencontre les gens du 'BioFoundry' de Sydney très bientôt!
 en attendante - je vous souhaite une bonne fin d'année 2016!

Wednesday, August 31, 2016